Sur le plan de la gouvernance organisationnelle, le CIFDHA est dirigé par un Conseil d'administration de 7 membres dont un Président. Le Secrétariat exécutif de 4 membres avec à sa tête un Coordonnateur général est chargé de la gestion quotidienne du centre. Depuis sa création en 2009, le CIFDHA tient régulièrement ses instances (Assemblées générales annuelles, réunions de conseil d'administration). Depuis sa création, le CIFDHA a su combiner l'investissement à temps partiel de son personnel avec l'engagement bénévole très actif de ses membres et sympathisants pour exécuter de façon satisfaisante ses projets et activités.

Le CIFDHA accompagne les acteurs, organisations et institutions qui souhaitent s'investir dans le domaine des droits humains. Les bénéficiaires sont aussi bien d'autres associations et ONG (NDI, associations de jeunesse), des structures universitaires (Université de Bamako) que des institutions notamment l'Assemblée nationale à travers la Commission des affaires générales, institutionnelles, et des droits humains (CAGIDH). Il déploie actuellement une mission d'assistance et d'appui-conseil au profit de la CAGIDH en partenariat avec le NDI. Le CIFDHA contribué à la mise en place du Réseau des parlementaires burkinabè pour les droits humains (RPBDH) qui est aussi soutenu par le NDI. Il collabore avec les institutions en charge des droits humains, notamment le Ministère en charge des droits humains et la Commission nationale des droits humains.

Le CIFDHA accorde une attention particulière à l'amélioration du cadre institutionnel des droits humains. A cet effet il tente par le plaidoyer et l'appui-conseil à influencer les réformes politiques, législatives et les politiques publiques dans un sens favorable aux droits humains. Dans le cadre de l'adoption de la Constitution de la 5ème république, le CIFDHA a plaidé avec succès à l'abolition constitutionnelle de la peine capitale; l'avant-projet de Constitution prévoit cette abolition. Le CIFDHA est régulièrement auditionné par l'Assemblée nationale et produit des avis sur les projets et propositions de loi afin que le travail législatif prenne en compte les exigences et impératifs de droits humains. Il participe aux côtés du Ministère de la justice des droits humains et de la promotion civique à différentes activités relevant du secteur des droits humains: réflexions, révisions de politiques, planification, etc. Le CIFDHA contribue ainsi à la promotion de l'approche du développement basée sur les droits humains à tous les niveaux aux côtés des pouvoirs publics.

Le CIFDHA est fortement impliqué dans les mécanismes internationaux. Il a élaboré et soumis aux instances pertinentes des rapports alternatifs devant les organes des traités.

En 2013, le CIFDHA a élaboré en partenariat avec d'autres un rapport alternatif et pris part au 2ème cycle de l'EPU. En 2015-2016, le CIFDHA a pris part au processus de revue du rapport initial du Burkina Faso devant le Comité des droits de l'homme de l'ONU. Il a également soumis un pré-rapport alternatif au Comité CEDEF dans le cadre de l'examen du 7ème rapport du pays. Au cours de 2017, le CIFDHA prépare deux rapports alternatifs au Comité contre la torture d'une part et d'autre part au Conseil des droits de l'homme dans le cadre du 3ème cycle de l'Examen périodique universel (EPU). Par ailleurs des activités de suivi ont été engagées pour contribuer à la mise en œuvre des recommandations des organes de traités. Un plan d'actions de mise en œuvre des recommandations prioritaires du Comité des droits de l'homme a été adopté e mars 2017 avec le soutien de CCPR Centre et le Royaume de Belgique.

Le CIFDHA mène des actions de plaidoyer pour l'amélioration de la situation des droits humains et sur différentes thématiques, seul ou en partenariat avec d'autres organisations locales. En 2015 le CIFDHA a pris part au plaidoyer sur la santé sexuelle et reproductive d'Amnesty International Burkina Faso. La même année, le CIFDHA, dans le cadre du processus électoral le CIFDHA a engagé avec les            organisations de jeunesse partenaires du NDI un plaidoyer en faveur de la prise en compte des préoccupations des jeunes, dont la lutte contre mortalité maternelle et infantile. Au cours de 2016 le CIFDHA a engagé un plaidoyer en faveur de l'abolition de la peine de mort avec les autres organisations membres de la Coalition nationale contre la peine de mort au Burkina Faso et le soutient de l'OIF. Dans le cadre de la mise en œuvre des recommandations du Comité des droits de l'homme de l'ONU, le CIFDHA a engagé en 2017 un plaidoyer à l'endroit du gouvernement pour          l'éradication des pratiques traditionnelles néfastes à l'égard des femmes.

Le CIFDHA assure une veille constante sur la situation des droits humains au Burkina Faso et dans la sous-région. Il participe à la dénonciation des abus de droits par la voie de médias, de courriers d'interpellation ou par des interactions directes avec les autorités concernées. Au cours de 2015, le CIFDHA a participé aux côtés d'une équipe de chercheurs d'Amnesty International, au travail de recherche sur les violations de droits humains commises à l'occasion de la tentative de coup d'état. Dans cette même dynamique, le CIFDHA entend développer un service de recherche, afin de mener de façon autonome des investigations et faire des publications sur les violations de droits humains ou la situation des droits humains en général.

Depuis 2010, le CIFDHA organise, en partenariat avec le CODAP, une session annuelle de formation régionale dénommée "universités d'été des droits humains" (UEDH). Cette formation de référence pour les jeunes défenseurs africains réunit au Burkina Faso une trentaine de jeunes venant d'une dizaine de pays africains pour le renforcement de leurs capacités en droit international des droits de l'homme, en stratégie d'actions et sur une thématique spécifique. Les thématiques passées sont:
2010: Migrations et droits humains
2011: Impunité et justice pénale internationale
2012: La responsabilité sociale des entreprises (RSE) en Afrique : quels enjeux en matière de droits humains
2013: Médias sociaux, droits humains et démocratie
2014: Droits humains et accès à la justice
2015 : Gouvernance du secteur de la sécurité : rôle des acteurs pour une meilleure garantie des droits humains