Sur le plan de la gouvernance organisationnelle, le CIFDHA est dirigé par un Conseil d'administration de 7 membres dont un Président. Le Secrétariat exécutif de 4 membres avec à sa tête un Coordonnateur général est chargé de la gestion quotidienne du centre. Depuis sa création en 2009, le CIFDHA tient régulièrement ses instances (Assemblées générales annuelles, réunions de conseil d'administration). Depuis sa création, le CIFDHA a su combiner l'investissement à temps partiel de son personnel avec l'engagement bénévole très actif de ses membres et sympathisants pour exécuter de façon satisfaisante ses projets et activités.